Opbouw darmflora
De darmen van een ongeboren baby zijn nog steriel. Tijdens de geboorte komt de baby voor het eerst in contact met bacteriën in het geboortekanaal en na de geboorte ook met bacteriën uit de omgeving. Deze bacteriën komen via de mond van de baby terecht in de darmen, waar ze zich vestigen en het begin vormen van de darmfora. De samenstelling van deze eerstgevormde darmflora hangt onder meer af van de manier van bevallen en de type voeding. Bij borstgevoede baby' s domineren bifidobacteriën de darmflora. Moedermelk bevat namelijk bepaalde oligosachariden die specifiek de groei van bifidobacteriën bevorderen. Daarom worden deze prebiotica ook wel bifidogene stoffen genoemd. Deze speciale oligosachariden worden tegenwoordig steeds vaker aan flesvoeding toegevoegd, om het bifidogene effect van borstvoeding na te bootsen. Bifidobacteriën verlagen de zuurgraad van de darm, wat gunstig is tegen potentieel pathogene bacteriën. De darmflora van flesgevoede baby' s bevat eveneens bifodobacteriën, maar daarnaast ook enterococcen en streptococcen. Baby' s die geboren worden via een keizersnede, hebben bij de geboorte geen contact gehad met de vaginale en fecale bacteriën van de moeder. Inmiddels is uit onderzoek bekend dat dit leidt tot een vertraagde opbouw van de darmflora. De opbouw van de darmflora is belangrijk voor de rijping van darmen na de geboorte en voor de opbouw van het mucosale immuunsysteem.
Zodra enkele maanden na de geboorte bijvoeding geïntroduceerd wordt, gaat de samenstelling van de darmflora van borst- en flesgevoede baby’s meer op elkaar lijken. En in de loop van het eerste levensjaar krijgt de darmflora een meer volwassen samenstelling, die uiteindelijk redelijk constant blijft gedurende de rest van het leven, verstoringen daargelaten. De precieze samenstelling van de darmflora verschilt van persoon tot persoon, net zoals een vingerafdruk. Het merendeel van de meer dan 1000 darmbacteriesoorten is nog nooit opgekweekt, laat staan geïdentificeerd. De darmen vormen een zuurstofvrije omgeving. Meer dan 99,8% van de darmbacteriën is daardoor anaëroob en verdraagt dus geen zuurstof. Dat bemoeilijkt de identificatie van de bacteriën in de darmflora in het laboratorium.