Kolonisatie van het maag-darmkanaal
Hoe verder in het maag-darmkanaal, hoe meer bacteriën. In de maag kunnen vanwege het maagzuur maar weinig bacteriën leven; circa honderd per ml maaginhoud. In de dunne darm zijn de omstandigheden voor bacteriën nog niet heel gunstig, door de aanwezigheid van gal en door de snelle passagetijd (1 à 1,5 uur). Aan het begin van de dunne darm zitten rond de duizend bacteriën per ml, oplopend tot circa honderd miljoen per ml aan het einde van de dunne darm. De meeste darmbacteriën en ook de meest verschillende soorten bevinden zich in de dikke darm, met gehaltes van circa honderd miljard bacteriën per ml. De darmflora speelt een rol in de afweer van de darm. Omdat de darmbacteriën in zo grote getale aanwezig zijn, helpen ze namelijk voorkomen dat ongewenste schadelijke bacteriën zich nestelen (ook wel kolonisatieweerstand genoemd). Ze bezetten de beschikbare ruimte, leggen beslag op de aanwezige voedingsstoffen én produceren stoffen die andere bacteriën en virussen bestrijden, zoals melkzuur (door Lactobacillen). Afgestorven darmbacteriën verlaten het lichaam via de ontlasting, die voor circa 60% uit bacteriën en bacterieresten bestaat.